Почвовед РУДН создал программу Root-o-mat для обработки данных о ферментах в почве
Зимография — электрохимический метод, который почвоведы используют для анализа активности ферментов в почве. Для нее используют флуоресцентные вещества, которые светятся при взаимодействии с ферментом. В результате получается зимограмма — «снимок» ферментативной активности. Однако интенсивно использовать зимографию ученые начали относительно недавно и еще не сформировали стандарты обработки результатов. Поэтому исследователям из разных научных групп может быть трудно сравнить результаты. Почвовед РУДН совместно с коллегами из Германии создал программное обеспечение Root-o-mat, которое призвано решить эту проблему — стандартизировать и упростить обработку результатов зимографии.
«Большинство исследований по зимографии почвы различаются в отношении методов предварительной и последующей обработки. Например, в преобразовании изображения в оттенки серого, регистрации или сегментации изображения. Это ставит под угрозу сопоставимость результатов. Мы разработали приложение, чтобы облегчить практическую применимость и ускорить рабочий процесс обработки изображений», — доктор биологических наук Яков Кузяков, ведущий научный сотрудник Центра «Смарт-технологии устойчивого развития городской среды в условиях глобальных изменений» РУДН.
Алгоритм программы включает несколько шагов. Первый — регистрация изображений. Он нужен, чтобы сопоставить изображения, полученные, например, в разное время или разными аппаратами. На втором этапе программа калибрует данные — приводит их к одному стандарту и переводит физические величины к одним единицам измерения. Третий этап — сегментация. Изображение разбивается на отдельные группы пикселей, которые отражают отдельные объекты. На выходе пользователь получает готовые для анализа данные в разных форматах— 2D и 3D изображения, гистограммы, статистические данные и так далее. Программа доступна для бесплатной загрузки.
Почвоведы РУДН протестировали работу алгоритма в эксперименте — определили, как меняется активность гидролитических ферментов почвы до и после добавления глюкозы. Исследователи получили зимограму образца почвы с проросшими семенами кукурузы, а также сделали фотографию среза образца. Образец взяли на пахотном поле недалеко от Геттингена (Германия). Затем почвоведы добавили в почву глюкозу и повторили измерения. Добавка глюкозы должна увеличить количество фермента лейцинаминопептидазы. Полученные данные загрузили в Root-o-mat, которая их сопоставила и перевела в стандартный формат. Получились подробные графики, на которых видно, как изменилась активность лейцинаминопептидазы до и после добавления глюкозы и в каких точках образца она наиболее активна.
«Root-o-mat — это набор готовых интерактивных инструментов для создания, визуализации, редактирования, обработки, анализа, загрузки и сохранения данных. Он включает в себя графический пользовательский интерфейс, который упрощает и ускоряет обработку 2D-изображений и пространственно-временной анализ — например, визуализацию распределения активности ферментов. Результаты позволяют оценить временное и пространственное распределение активности ферментов на границе корень-почва кукурузы», — доктор биологических наук Яков Кузяков, ведущий научный сотрудник Центра «Смарт-технологии устойчивого развития городской среды в условиях глобальных изменений» РУДН.
Результаты опубликованы в журнале Soil Biology and Biochemistry.
Инженерия и технологии, науки о жизни и медицине, естественные и социальные науки, менеджмент — основные направления научного сотрудничества между учёными Российского университета дружбы народов и их африканскими коллегами.
Общий объём публикаций за 10 лет — 884 работы, при этом среднее число цитирований на публикацию — 44,23, что говорит о признании работ научным сообществом и их существенном влиянии на область исследований. Средний нормализованный индекс цитируемости (FWCI, он показывает, как цитируется статья относительно других публикаций в той же научной области) составляет 2,61. Это на 161% выше среднемирового значения.
Коллектив ученых, которым руководит академик РАН Харон Амерханов, получил золотую медаль XXVIII Российской агропромышленной выставки «Золотая осень — 2026». Награда присуждена за разработку и внедрение ферментированных комбикормов из растительных отходов АПК и их использование в рационах сельскохозяйственных животных. Работа отмечена в конкурсе «За достижение высоких показателей в развитии племенного и товарного животноводства» по направлению «Научное обеспечение отраслей животноводства».
Личинки мухи «чёрная львинка» в мире все чаще используются для утилизации отходов. Ученые института экологии РУДН поставили перед собой амбициозную задачу: понять, как тот или иной набор микроорганизмов в кишечнике личинок влияет на эффективность переработки разных видов отходов и как меняется состав микробиома в зависимости от условий питания. Никита Митькин — кандидат биологических наук, старший научный сотрудник института экологии РУДН, рассказал о первых результатах этого трехлетнего исследования. В частности, ученые доказали, что набор микроорганизмов микробиома способен перестраиваться. Теперь предстоит установить, какие именно изменения являются функционально полезными и можно ли воспроизвести их целенаправленно, «запрограммировав» личинок чёрной львинки на переработку определенного вида сырья.