Почвовед РУДН создал программу Root-o-mat для обработки данных о ферментах в почве
Зимография — электрохимический метод, который почвоведы используют для анализа активности ферментов в почве. Для нее используют флуоресцентные вещества, которые светятся при взаимодействии с ферментом. В результате получается зимограмма — «снимок» ферментативной активности. Однако интенсивно использовать зимографию ученые начали относительно недавно и еще не сформировали стандарты обработки результатов. Поэтому исследователям из разных научных групп может быть трудно сравнить результаты. Почвовед РУДН совместно с коллегами из Германии создал программное обеспечение Root-o-mat, которое призвано решить эту проблему — стандартизировать и упростить обработку результатов зимографии.
«Большинство исследований по зимографии почвы различаются в отношении методов предварительной и последующей обработки. Например, в преобразовании изображения в оттенки серого, регистрации или сегментации изображения. Это ставит под угрозу сопоставимость результатов. Мы разработали приложение, чтобы облегчить практическую применимость и ускорить рабочий процесс обработки изображений», — доктор биологических наук Яков Кузяков, ведущий научный сотрудник Центра «Смарт-технологии устойчивого развития городской среды в условиях глобальных изменений» РУДН.
Алгоритм программы включает несколько шагов. Первый — регистрация изображений. Он нужен, чтобы сопоставить изображения, полученные, например, в разное время или разными аппаратами. На втором этапе программа калибрует данные — приводит их к одному стандарту и переводит физические величины к одним единицам измерения. Третий этап — сегментация. Изображение разбивается на отдельные группы пикселей, которые отражают отдельные объекты. На выходе пользователь получает готовые для анализа данные в разных форматах— 2D и 3D изображения, гистограммы, статистические данные и так далее. Программа доступна для бесплатной загрузки.
Почвоведы РУДН протестировали работу алгоритма в эксперименте — определили, как меняется активность гидролитических ферментов почвы до и после добавления глюкозы. Исследователи получили зимограму образца почвы с проросшими семенами кукурузы, а также сделали фотографию среза образца. Образец взяли на пахотном поле недалеко от Геттингена (Германия). Затем почвоведы добавили в почву глюкозу и повторили измерения. Добавка глюкозы должна увеличить количество фермента лейцинаминопептидазы. Полученные данные загрузили в Root-o-mat, которая их сопоставила и перевела в стандартный формат. Получились подробные графики, на которых видно, как изменилась активность лейцинаминопептидазы до и после добавления глюкозы и в каких точках образца она наиболее активна.
«Root-o-mat — это набор готовых интерактивных инструментов для создания, визуализации, редактирования, обработки, анализа, загрузки и сохранения данных. Он включает в себя графический пользовательский интерфейс, который упрощает и ускоряет обработку 2D-изображений и пространственно-временной анализ — например, визуализацию распределения активности ферментов. Результаты позволяют оценить временное и пространственное распределение активности ферментов на границе корень-почва кукурузы», — доктор биологических наук Яков Кузяков, ведущий научный сотрудник Центра «Смарт-технологии устойчивого развития городской среды в условиях глобальных изменений» РУДН.
Результаты опубликованы в журнале Soil Biology and Biochemistry.
Российский университет дружбы народов помогает студентам делать первые шаги в науке — через собственную систему грантовой поддержки, конкурсы научных работ и стипендиальные программы. Рассказываем, какие возможности открыты для молодых исследователей сегодня.
Университетская система вовлечения талантливой молодёжи в науку работает по нескольким направлениям. Один из ключевых механизмов — конкурсы научно-исследовательских работ студентов, которые помогают выявить наиболее способных, повысить качество студенческих проектов и развить прикладные исследовательские навыки. В РУДН действуют два основных конкурсных направления: «Проектный старт» (осенний семестр) и «Совместный старт: сделаем науку вместе» (весенний семестр). В этом материале поговорим о конкурсах серии «Проектный старт».
Коллектив агробиотехнологического департамента аграрно-технологического института РУДН трудится над проектом, поддержанным грантовой системой университета. Исследователи разрабатывают экологически чистые наноматериалы на основе растительных экстрактов для создания нового поколения средств защиты растений различного назначения — от гербицидов до фунгицидов.
Личинки мухи черная львинка (Hermetia illucens) — одни из самых эффективных природных переработчиков органики. Они способны конвертировать пищевые и сельскохозяйственные отходы в ценный белок и жир. Но ключевую роль в этом процессе играют не сами личинки, а их микробиом — сообщество микроорганизмов в пищеварительном тракте. Именно этой теме посвящено исследование учёных института экологии. Оно стало победителем конкурса на выполнение НИР/НИОКР молодыми учёными (R.1) в системе грантовой поддержки РУДН в 2026 году.