Биологи РУДН разработали ПЦР-тест для ранней диагностики мягкой гнили у картофеля

Биологи РУДН разработали ПЦР-тест для ранней диагностики мягкой гнили у картофеля

Биологи РУДН разработали ПЦР-тест для обнаружения в картофеле патогенных бактерии Pectobacterium parmentieri, которая вызывает гниение. В отличие от существующих аналогов, новый тест позволяет определить, какой именно бактерией из этой группы заражен картофель, причем на ранних этапах заболевания, когда еще не видны внешние признаки.

Бактерии группы Soft Rot Pectobacteriaceae (SRP) вызывают распространенную болезнь картофеля — «мягкую гниль», или «черную кожу». Бактерии поражают клубень через повреждения кожицы или естественные отверстия и могут распространяться через зараженную почву и растительные остатки на здоровые растения. Чтобы предотвратить распространение патогена, необходимо своевременно обнаружить заболевание. Для этого используются ПЦР-тесты. Однако они не вполне отвечают современным данным — ПЦР-тесты определяют наличие бактерий SRP в растении, но не позволяют отличить разные бактерии этой группы друг от друга для уточнения диагноза. Биолог РУДН совместно с коллегами из МГУ и Института биоорганической химии разработал ПЦР-тест, чувствительный к бактерии Pectobacterium parmentieri (Ppa) из группы SRP.

«Анализ, который сейчас используют в фитодиагностике, позволяет лишь приблизительно предположить патоген, учитывая, откуда был выделен штамм. Однако он по-прежнему не позволяет выявлять специфические виды и потому уже несколько устарел из-за уточнения данных о таксономии группы», — доктор биологических наук Александр Игнатов, профессор агробиотехнологического департамента РУДН.

Биологи РУДН разработали ПЦР-тест, который показал высокую чувствительность к Ppa — он способен зафиксировать 100-1000 колониеобразующих единиц в миллилитре образца. Это соответствует скрытой фазе заболевания, когда растение уже заражено, но внешних признаков этого еще не наблюдается.

Биологи определили участки генома, специфичных конкретно для Pectobacterium parmentieri. Для этого ученые сравнили более 200 бактериальный геномов Ppa, известных к началу 2021 года. Геном разделяли на короткие фрагменты и сравнивали каждый из них с остальными. В результате биологи РУДН получили фрагменты, которые встречаются во всех бактериях Ppa, но не попадаются в геномах других видов. Для этих участков исследователи разработали тест ПЦР — полимеразной цепной реакции. Его суть заключается в многократном копировании заданного последовательности генов при помощи ферментов. Биологи подобрали необходимые ферменты и проверили эффективность теста на искусственно зараженном картофеле.

«Видоспецифичный фрагмент, который мы выявили, не только уникален для Pectobacterium parmentieri, это еще и часть гена, который отвечает за патогенность бактерии. Высокая специфичность разработанного анализа особенно важна для биоконтроля заболеваний растений, вызываемых бактериями SRP», — доктор биологических наук Александр Игнатов, профессор агробиотехнологического департамента РУДН.

Исследование опубликовано в журнале Plants.

biologiya_ignatov_kartofel_illyustr_2021-09-23.png

Новости
Все новости
Наука
3 сентября
Доцента РУДН наградили Государственной поощрительной премией Египта в области сельскохозяйственных наук

Египетский учёный Абдельрауф Масуд Али, доцент департамента рационального природопользования института экологии РУДН, стал лауреатом Государственной поощрительной премии Египта в области сельскохозяйственных наук за 2024 год.

Наука
28 августа
Разгадана роль грибов в поддержании разнообразия деревьев – глобальное исследование при участии ученых РУДН

Леса — это не только легкие планеты, но и дом для миллионов видов. Однако до сих пор оставалось неясным, как подземные взаимодействия между деревьями и грибами влияют на видовое богатство лесов в разных климатических условиях. Предыдущие исследования давали противоречивые результаты: в одних регионах доминирование определенных грибов снижало разнообразие деревьев, в других — повышало.

Наука
18 августа
5 млн рублей на науку: в РУДН назвали обладателя первой премии вуза в области математики

Первым победителем международной Премии РУДН за научные достижения и заслуги в области математики в размере 5 млн рублей стал учёный из Санкт-Петербурга Сергей Иванов. Обладатель награды — доктор физико-математических наук, член-корреспондент РАН, профессор Санкт-Петербургского государственного университета и главный научный сотрудник Санкт-Петербургского отделения Математического института им. В.А. Стеклова РАН. Вручение премии состоялось 18 августа во время Международной конференции по дифференциальным и функционально-дифференциальным уравнениям DFDE.